基于 16S rDNA 高通量测序技术研究常见大鼠的肠道菌群特征

doi:10. 3969 / j. issn. 1006-6179. 2024. 06. 013

实验动物科学 ›› 2024, Vol. 41 ›› Issue (6): 75-81.DOI: 10. 3969 / j. issn. 1006-6179. 2024. 06. 013

基于 16S rDNA 高通量测序技术研究常见大鼠的肠道菌群特征

(中国食品药品检定研究院实验动物资源研究所,北京 102629)

收稿日期:2023-11-15 出版日期:2024-12-28 发布日期:2025-01-15
通讯作者: 董浩( 1985—) ,男,副研究员,研究方向为实验动物学研究,E-mail: tunghao@ 163. com。左琴( 1975—) ,女,副研究员,研究方向为实验动物遗传与资源保存, E-mail: zuoqin2001@ 163. com。
作者简介:张乐颖( 1986—) ,女,主管技师,研究方向为实验动物资源管理与保存,E-mail:zhangleying126@ 126. com。

Characteristics of Gut Microbiota in Representative Rat Strains via 16S rDNA Sequencing Technology

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(National Institutes for Food and Drug Control, Institute for Laboratory Animal Resources, Beijing 102629, China)

Received:2023-11-15 Online:2024-12-28 Published:2025-01-15

摘要/Abstract

摘要： 目的通过 16SrDNA 高通量测序技术分析 4 种常见的实验大鼠品系肠道菌群结构特征。方法同一饲养设施内的 SD、Wistar、F344 和 BN 共 4 个品系大鼠 48 只,雌雄各半,收集其新鲜粪便样品,采用 16SrDNA 通用引物扩增 V4 区并进行高通量测序,通过使用 QIIME 软件分析样品中菌群组成和多样性指标,使用 LEfSe 软件比较各组中具有统计学差异的主要菌群。结果实验大鼠肠道菌群主要有拟杆菌门、厚壁菌门等;属水平上主要是Muribaculaceae 属、拟杆菌属等。 Alpha 多样性显示:相较近交系大鼠,封闭群大鼠多样性和丰富度较高,且组内离散程度较大。 Beta 多样性显示:不同品系、同一品系不同性别大肠菌群有所差异。结论对国家啮齿类实验动物资源库的部分大鼠品系肠道菌群特征进行分析,为大鼠肠道菌群的相关研究提供了参考数据,同时其相对丰度和多态性结果分析表明在同一饲养条件下,不同品系、性别的大鼠肠道优势菌群相似,而肠道菌群丰富度和组内离散度也受品系及性别影响

关键词:

大鼠, 肠道菌群, 16S rDNA 测序

Abstract: Objective 16S rDNA sequencing was used to study on the characteristics of gut microbiota in four representative rat strains. Method The samples of fresh feces were collected from 48 SD, Wistar, F344, and BN rat strains were collected from the same feeding facility, with half male and half female. The V4 region was amplified with 16S rDNA universal primers. The composition and diversity was analyzed with QIIME. The LEfSe software was used to compare major flora with statistical differences in each strains and gender. Result Bacteroidetes and Firmicutes constitute the main intestinal flora of the rats. Muribaculaceae,Bacteroidesare the main intestinal flora on genera level. The Alpha diversity showed that compared with inbred rats, the outbred rats had higher diversity and richness with higher dispersion. Beta diversity showed that the structure of the gut microbiota from different strains and different genders are different. Conclusion The characteristics of gut microbiota of representative rat strains from National Rodent Laboratory Animal Resources Center is analyzed to rich date support for the related research, which also showed that main intestinal flora from the same breeding condition is similar, and the diversity and richness of the gut microbiotais related to strain and gender.

Key words:

rat, gut microbiota, 16S rDNA sequencing

中图分类号:

Q95-3

张乐颖, 柳文霞, 董浩, 左琴.

基于 16S rDNA 高通量测序技术研究常见大鼠的肠道菌群特征

[J]. 实验动物科学, 2024, 41(6): 75-81.

ZHANG Leying, LIU Wenxia, DONG Hao, ZUO Qin.

Characteristics of Gut Microbiota in Representative Rat Strains via 16S rDNA Sequencing Technology

[J]. Laboratory Animal Science, 2024, 41(6): 75-81.

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基于 16S rDNA 高通量测序技术研究常见大鼠的肠道菌群特征

Characteristics of Gut Microbiota in Representative Rat Strains via 16S rDNA Sequencing Technology

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